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全人类基因组甲基化

全遗传DNA组甲基化测序（Whole Genome Bisulfite Sequencing，WGBS）是将重亚磷酸盐（Bisulfite）正确处理步骤和Illumina高通芯片量测序相互促进在一起，对有符合遗传DNA组新信息的鱼类完成全遗传DNA组空间内的甲基化关卡检查测量。WGBS可不还可以精准度到单碱基判别率，精准度进行概述每种个C碱基的甲基化工作状态，可不还可以达到了全遗传DNA组合并, 是学习甲基化关卡的“金要求”。WGBS满足了全遗传DNA组甲基化图谱、病锁定进行概述、遗传DNA房产调控进行概述、病的甲基化象征物建立等探索世界性问题学习。

生物信息学分析内容

简单化甲基化测序RRBS

变得要学会简化甲基化测序（Reduced Representation Bisulfite Sequencing，RRBS）经过酶切生物富集再启动子及 CpG 岛地方，并举行 Bisulfite 测序，同样保持 DNA 甲基化的状态论文检测的夺区分率和测序数据文件的高灵活运用率。是本身高价格的甲基化探究方案，变得要学会简化甲基化测序在大总量临床实验样例的探究中存在多方面的使用发展。

MeRIP-seq

在转录后淡化中，N6-甲基腺嘌呤（N6-methyladenosine, m6A）是mRNA和lncRNAs上相对而言大多数的淡化其一。如今挖掘microRNA，circRNA, rRNA, tRNA和snoRNA上面有m6A淡化。m6A淡化首要形成在RRACH回文序列中的腺嘌呤上，其的功能首要由Writer、Eraser和Reader影响。Writer即甲基转意酶，如今如图所示此混合物的基本成分有METTL3，METTL14, METTL16, WTAP和KIAA1429等。而ALKBH5和FTO算作去甲基酶（Eraser）可逆转转甲基化。如今挖掘m6A结合起来核球蛋清（Reader）有YTH格局域核球蛋清（YTHDF1, YTHDF2,YTHDF3,YTHDC1和YTHDC2）和核不均衡一核球蛋清HNRNP大家族（HNRNPA2B1和 HNRNPC）。

MeRIP-seq则是科研m6A体现强有效的技术工艺性其中之一。MeRIP-seq是将MeDIP、RIP及RNA-seq技术工艺性融合起，在全基因遗传组规模内探测RNA甲基化。用特情人的RNA甲基化表面抗原做好免疫检测共凝固的反应，将刷出的甲基化体现场面做好测序，同一时间，装修设计Input参考范例消减背景图。

技术优势

携手RNA甲基化研究国际知名团队，深度优化实验与分析流程；
提炼数十篇顶级RNA甲基化文章思路，量身定制前沿实验方案；
提供多组学整合分析与功能验证一站式服务，大幅缩短实验周期；
一流的数据挖掘团队+丰富的论文审稿经验，加速科研成果发表。

样本起始量与送样建议

样本类型	起始量
体细胞	>5x10⁶
甲壳动物聚集	>100 mg
观赏植物	>5 g

小心问题：图解子样本提供指引，请找再线qq客服。

分析内容

1. 测序序列统计与质控
2. 参考基因组比对：参考基因组比对Reads统计、参考基因组比对区域分布、测序数据比对分布
3. 全基因组Peak扫描：Peak calling、Peak注释
4. 差异Peak分析：差异Peak信息统计、差异Peak基因GO富集分析、差异Peak基因KEGG富集性分析
5. Motif分析

案例展示

客户案例1：m6A调控miRNA初级体识别加工

论文标题：N6-methyl-adenosine (m6A) marks primary microRNAs for processing
刊登日期：2015年03月
发表杂志：Nature
影响因子：40.1
研究机构：美国洛克菲勒大学

在miRNA生物合成的第一步是在微处理蛋白复合物的帮助下对初级microRNA（pri-miRNA）进行加工。微处理蛋白复合物由RNA结合蛋白DGCR8和III型核糖核酸酶Drosha组成。这个起始事件需要DGCR8识别pri-miRNA发夹上茎和侧翼单链RNA的连接处，并招募Drosha剪切双链RNA产生前体miRNA（pre-miRNA）。pri-miRNA的加工机制已经被阐释，但是目前并不知道DGCR8在众多具有二级结构的转录本中识别和结合pri-miRNA的机制。

本研究中，洛克菲勒大学Dr.Tavazoie教授发现在哺乳动物细胞中，METTL3会使pri-miRNA发生甲基化，标记的pri-miRNA可以被DGCR8的识别和加工。通过miRNA芯片分析发现，敲低METTL3会降低DGCR8与pri-miRNA的结合作用，引起成熟体miRNA表达量降低，通过未经加工pri-miRNA含量增加。体外实验证实m6A会促进pri-miRNA的加工。最后，功能验证实验揭示METTL3能够促使miRNA成熟。所以m6A标记是一个关键的转录后修饰，会促进miRNA生物合成的起始。

客户案例2：m6A识别酶HNRNPA2B1介导RNA加工

论文标题：HNRNPA2B1 Is a Mediator of m6A-Dependent Nuclear RNA Processing Events
刊登日期：2015年09月
发表杂志：Cell
影响因子：30.4
研究机构：美国洛克菲勒大学

已知m6A是mRNA中最普遍的一种内部修饰方式之一。各种转录本如mRNA、lncRNA等上携带的m6A修饰能够影响RNA在细胞核中的“命运”如RNA降解以及转录后加工等。洛克菲勒大学Dr.Tavazoie教授在文中验证了一种RNA结合蛋白HNRNPA2B1能够特异性识别转录本上的m6A修饰。这些发生m6A修饰的位点所在的motif与甲基化转移酶METTL3 motif相匹配。此外HNRNPA2B1能够直接与发生m6A修饰的miRNA初级体（pri-miRNA）相结合，与miRNA微处理蛋白复合物之一DGCR8一起促使pri-miRNA成熟体的加工。

参考文献

1. Alarcón C R, Lee H, Goodarzi H, et al. N6-methyl-adenosine (m6A) marks primary microRNAs for processing[J]. Nature, 2015, 519(7544):482.
2. Alarcón C R, Goodarzi H, Lee H, et al. HNRNPA2B1 Is a Mediator of m(6)A-Dependent Nuclear RNA Processing Events.[J]. Cell, 2015, 162(6):1299-1308.

常见问题

1.范例办理都有哪些样的特别的要吗？

样本处理方法根据实验室是否有液氮分为如下两种情况：

有液氮的情况：
组织样品离体后，快速用RNase-free配制的生理盐水/PBS清洗样本表面的污渍，并吸干表面的液体，迅速的将样本分割成长宽高<=0.5cm的小块（一般重约100mg，不过无需精准测量，一般需要10个小块左右），将样本放入已标记好名称且预冷好的Rnase-free的螺纹管中（不要将盖子拧死，以免从液氮中取出时破裂），迅速投入液氮中速冻>=1h，然后取出置于-80℃保存，干冰运输。

没有液氮的情况：
提前准备好RNase-free的1.5mL的EP管，向其中加入1mL的RNAfixer。
组织样品离体后，快速用RNase-free生理盐水/PBS清洗样本表面的污渍，并吸干表面的液体，迅速的将样本分割成长宽高<=0.5cm，约豌豆大小的小块（一般重约100mg，不过无需精准测量，一般需要10个小块左右），然后投入提前准备好的1.5mL的EP管中，使样本完全浸没在液体中，然后置于-80℃中保存，干冰运输。
注意：实验操作过程中请务必确保无RNA酶污染。

2.m6A判断工艺有一些，需要用测序的工艺来判断吗？

定量方法：LC-MS/MS、EpiQuik m6A RNA Methylation Quantification Kit（比色法）
高通量测序：m6A-seq（MeRIP-seq）、miCLIP-seq
定量方法只能检测整体m6A水平，无单碱基分辨率；但是测序方法则没有此限制。您可以根据实验的具体需求选择对应的检测方法。

ATAC-seq

在有局限的组织组织细胞质办公空间中，遗传dna组的大方面是紧凑收放的，仅剩下还要转录的方面是开花的。纯化的国家宏观调整字段上组合有转录指数，转录指数会申请加入别蛋白酶初始化遗传dna转录。人身体内有一点遗传dna基本上不停仍仍处于来阶段，有一点遗传dna会用时候就被二手闲置在一遍，它们之间的吸附性都仍仍处于苛刻的国家宏观调整之重。ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing），灵活运用DNA转座酶组合mtk量测序技巧，来实验印染体的可入驻性。ATAC-seq 只还要很小的组织组织细胞就能鉴定费遗传dna组某种有活跃度高的的国家宏观调整字段。

生物信息学分析内容

Chip-seq

整合复染质免疫力共滤渣技術（ChIP）和高通骁龙量测序技術，对意义蛋白酶酶整合的 DNA 场面开展测序，都可以效率地在全染色体组区域内检侧与组蛋白酶酶绘制、转录成分等互作的 DNA 闭塞分区。

生物信息学分析内容

Cut & tag

CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation）系统彻底消除变换了ChIP-seq学习的肿瘤神经细胞量供需，使其从本来的10,000个大大减少至60个，有的单一个肿瘤神经细胞，这肯定是对生态学学学习区域的做次很大突破自我。CUT&Tag系统的发生，这样不仅明显地不断提高了学习的行得通性和高效率，更在传统艺术ChIP-seq学习中存有的信噪比和数据报告连续性等问题方便构建了质的改变。

CUT&Tag科技是种勇于创新性的胆固醇质-DNA互作研究分析工艺，其独有事例是它不应该采用免疫细胞共沉淀物，却是经由共性靶胆固醇的表面抗原和Protein A的介导，顺利实现目标了Tn5酶（已与Protein A要融合）在激光切割DNA精彩片段的互相，在队列两端增长测序线接头。经PCR扩张后，还可以简单转成用在高通芯片量测序的文库。

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