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好产品信息

标上核蛋白组TMT

TMT（Tandem Mass Tag）高技艺由瑞典Thermo Fisher Scientific发展的其中一种多肽身体图标高技艺。该高技艺分为了6标(TMTsixplex™ Isobaric Label Reagent Set）、10标(TMT10plex™ Isobaric Label Reagent Set ）、16标（TMTpro 16plex）、18标（TMTpro 18plex）相等位素价格标签设计，采用与肽段特异核苷酸位点相邻实行区别原因的肽段图标，其次去串接质谱酶联免疫法分析，监测技术碎裂回去的价格标签设计实行肽段酶联免疫法。两次实验所可智能化相当一般18种区别样板中膳食纤维质的比较量。

TMT实验实验试剂核心由3位置成分：通知单基团、不平衡量性基团和肽发应基团。以6标实验实验试剂举例：通知单基团相原子高质分辨为126、127、128、129、130和131；不平衡量性基团相原子高质分辨为103、102、101、100、99和98，也许就达成了6种相原子高质均为229的等量异位标价签。通知单亚铁离子的密度就代表着了相关仿品中球蛋白酶质/肽段的密度，进行了对其他样板中球蛋白酶质的相关性和定量分享分享。

技术优势

1. 灵敏度高：低丰度蛋白也能检测出
2. 适用范围广：几乎可对任何物种的各类蛋白质进行分离鉴定
3. 高通量：能同时对18组样本中包含的蛋白进行鉴定及表达差异分析
4. 高效：液相色谱与串联质谱连用，自动化操作，分析速度快，分离效果好

样本起始量与送样建议

样本类型	起始量
部分动物及药学脏器进行/脑进行等	>20mg
绿色及临床治疗造成 /骨/淋巴管/脂肪含量进行等	>100mg
苔藓植物嫩叶组织化/花	>200mg
绿植根/茎/果肉/原材料	>500mg
原代组织血细胞/组织血细胞系	>5×10⁶个
总RNA	>100μg

做好准备项目：详细完整子样本做好准备方案，请关联网上克服。

生物信息学分析内容

项目文章

Luo Z, Peng W, Xu Y, Xie Y, Liu Y, Lu H, Cao Y, Hu J. Exosomal OTULIN from M2 macrophages promotes the recovery of spinal cord injuries via stimulating Wnt/β-catenin pathway-mediated vascular regeneration. Acta Biomater. 2021 Dec;136:519-532. PMID: 34551329.

常见问题

1. iTRAQ及TMT等标示酶联免疫法营养物质质组技术设备有有何优势？

iTRAQ以及TMT等标记定量蛋白质组技术分辨率高，细胞样品最多可鉴定超过6000个蛋白，并且绝大多数蛋白都有定量和定性信息；其次是通量高，可以一次最多完成8个（iTRAQ）或者10个（TMT）样品的实验，特别适合于多组样品间的同时比较以及生物学过程的动态检测。

2. 没得全表观遗传组数值的种类该怎么样才能做好蛋白质的判定？

对于已经公布全基因组序列的物种，可以在得到全序列后构建本地建库并进行本地检索；对于未进行全基因组测序的物种，可以采用近缘物种的数据库或者EST数据以及转录组数据进行检索。

4D-DIA

DIA重点按照资料非根据于抓取方法（DIA），能够传统文化的资料根据于抓取方法（DDA）勾勒参考选取谱彩色图库，能够液质联用高技术（LC-MS/MS）将质谱一整块全扫描仪扫描范畴有几个渠道，飞速、配置地对任何渠道中的另一个的铝铝离子采取选用、碎裂、判断，导致展现漏、无差异化地提升模板中另一个的铝铝离子的另一个浓缩的魔能石资讯。自后合理利用搜库PC软件采取血清组学的评定、酶联免疫法分享等。

技术工艺优缺点

灵敏度高，无歧视地获得所有肽段的信息，不会造成低丰度蛋白信息的丢失，
循环时间固定，扫描点数均匀，定量准确度高，
重复性好，重复样品间的定量相关性可达到0.99以上。

剖析文章

1. 数据质控
2. 蛋白功能注释：GO 注释、COG 注释、KEGG 注释、结构域注释
3.蛋白定量分析：蛋白定量结果、蛋白表达水平聚类分析、重复性分析
4. 蛋白差异分析：蛋白差异分析结果、差异蛋白火山图、差异蛋白聚类热图
5. GO 富集分析：GO 富集结果、GO 富集柱状图、GO 富集有向无环图、
6. KEGG 富集分析：KEGG 富集结果、KEGG 富集气泡图、KEGG 富集通路图
7. 结构域富集分析：结构域富集结果、结构域富集柱状图、差异蛋白互作分析、
8. 差异蛋白互作分析
9. 转录组关联分析

代替性好文章

【1】Collins B C , Hunter C L , Liu Y , et al. Multi-laboratory assessment of reproducibility, qualitative and quantitative performance of SWATH-mass spectrometry[J]. Nature Communications, 2017, 8(1):291.
【2】Rouwette T , Sondermann J , Avenali L , et al. Standardized profiling of the membrane-enriched proteome of mouse dorsal root ganglia provides novel insights into chronic pain[J]. Molecular & Cellular Proteomics, 2016, 15(6):mcp.M116.058966.

典型案例风采展示

蛋白定量DIA用于慢性疼痛的研究
Standardized Profiling of The Membrane-Enriched Proteome of Mouse Dorsal Root Ganglia (DRG) Provides Novel Insights Into Chronic Pain

研究背景

慢性型痛是一种种制疗预案较少的比较复杂的疾病。虽对其犯病钻研进展实施了很多次钻研，但各效果间有较多不不一性，通常受限制于传统与现代血清质组shotgun新技术僵板的缺欠。犯病机理依旧会不模糊。

实验报告设计的

炎症性疼痛和神经性疼痛两种模型鼠及其对应control鼠共4组，各3个生物学重复
每个生物学重复由10-13只鼠pooling而成
解剖获得同侧背根神经节膜部分提取蛋白进行DIA蛋白定量

图1 实验设计类型

通常会发现

1）DDA建库鉴定到3067个蛋白，迄今鉴定数最多的背根神经节蛋白研究。
2）DIA四组都鉴定到的蛋白有2526个，其中CFA和Vehicle都鉴定到的有2581个；SNI和Sham都鉴定到的2600个，表明实验重复性较好。
3）炎症性和神经性疼痛差异蛋白分别为64和77，两种模式共有差异蛋白为12个。
4）其中Serca蛋白在两种模式小鼠中表达量变化相反，表明两种疼痛的调控机制不同。
5）western blot和免疫组化对上述DIA结果进行了验证。

图2 四组实验模型的蛋白聚类分析

参考价值文献资料

Rouwette T , Sondermann J , Avenali L , et al. Standardized profiling of the membrane-enriched proteome of mouse dorsal root ganglia provides novel insights into chronic pain[J]. Molecular & Cellular Proteomics, 2016, 15(6):mcp.M116.058966.

然而展示出

结构域注释柱状图

Interproscan是蛋白质结构域和功能注释最常用的软件之一。为了能更全面的进行结构域的注释，Interproscan整合了一些最常用的结构域数据库，包括 Pfam、 ProDom、 SMART 等结构域的数据库，利用模式结构或特征进行功能未知蛋白的结构域注释，绘制结构域注释的柱状图。横坐标代表蛋白数目，纵坐标代表注释到的 IPR 条目。

蛋白表达水平聚类图

蛋白表达水平聚类分析用于判断不同实验条件下蛋白表达量的相关性。每个样品都会得到一个绝对或相对蛋白表达集合，将所有样品表达集合并在一起，用于层次聚类分析和 K-means 聚类分析。

KEGG 生物富集径路图

在 KEGG 通路图中，圈出了差异蛋白，其中绿色底色框内为鉴定出的总蛋白，蓝色框标记的是下调差异蛋白，红色框标记的是上调差异蛋白，黄色框标记的是通路中该功能对应的多个蛋白中既有上调差异蛋白、也有下调差异蛋白。

对比蛋白质互作定量分析

利用 StringDB 蛋白质互作数据库进行鉴定蛋白的互作分析，若在数据库中有相应的物种，则直接提取相应物种的序列，若无，则提取近源物种的序列，然后将差异蛋白的序列与提取出的序列进行 blast 比对，得出相应的互作信息，构建网络图。

常见的毛病

1. 蛋清一参考值DIA和传统型的非标设备记一参考值有哪些优越？

传统的非标记定量一般需要通过分级的方法开展，耗时久、重复性差、数据结果可信度不高；蛋白定量DIA技术是新一代非标记定量技术，可通过更优的数据采集模式，在相同时间采集到更丰富的信息，压缩周期的同时，大福度提高样本间平行比较的重复性，数据结果可信度极高。

DirectDIA

DirectDIA（direct Data-independent acquisition），即DDA-free DIA（dDIA），与传统性型DIA数据分析手段好于，不用了再确定DDA分等级建库，凭借刷卡机角度学会的推动直接性依据录找DIA原史文件资料谱图出现库。角度学会的取名打分录找谱峰碎裂无规律，予测使用时长，去掉假弱阳结局。整改后的一种习惯上升了工作效率，调低了投入，使用了DIA可从复的定量分析的竞争优势，判定到的淀粉酶树木与传统性型DIA的悬殊也越变越小。

掩盖核蛋白组

蛋清酶酶质全文翻译后装饰 (Protein translational modifications，PTMs) 利用功用表基团或蛋清酶酶质的共价增多、调结亚基的蛋清酶酶电离打孔或一整块蛋清酶酶质的光降解来多蛋清酶酶质组功用表各异性。这样装饰近乎影响力正常人组织癌细胞海洋植物学和发病率长效机制的以至于工作方面。以至于，辨别的和领悟PTM在组织癌细胞海洋植物学和疾病症状开展和防范的的理论的研究中举足轻重性。考虑到普遍存在许多有差异的PTM，没有对以至于可能性的蛋清酶酶质装饰实现全面的了解，以至于仅对之前蛋清酶酶质的理论的研究中的理论的研究的最经种类PTM，如磷酸性反应、乙酰化、泛素化、糖基化等，实现慨述：

（1）磷酸化：可逆的蛋白质磷酸化，主要发生在丝氨酸、苏氨酸或酪氨酸残基上，是目前研究得最深入的翻译后修饰之一。磷酸化在细胞周期、生长、凋亡和信号转导等过程中起着重要的调控作用。

（2）乙酰化：几乎所有的真核细胞蛋白质都通过不可逆和可逆的机制发生 N-乙酰化，或乙酰基转移到氮上。N 端乙酰化需要 N 端蛋氨酸被蛋氨酸氨基肽酶 (MAP) 裂解，然后用 N-乙酰基转移酶 (NAT) 用乙酰辅酶 a 的乙酰基取代氨基酸。这种类型的乙酰化是共翻译的，因为 N 端在仍与核糖体相连的生长中的多肽链上乙酰化。

（3）泛素化：泛素是一类分子量为 8 kDa 的多肽，由 76 个氨基酸组成，通过泛素 C 末端的甘氨酸连接到靶蛋白赖氨酸的 Îµ-NH2 上。在最初的单泛素化事件之后，可能形成泛素聚合物，然后 26S 蛋白酶体识别多聚泛素化蛋白，26S 蛋白酶体催化泛素化蛋白的降解和泛素的再循环。

（4）糖基化：蛋白质糖基化是蛋白质翻译后的主要修饰之一，对蛋白质的折叠、构象、分布、稳定性和活性都有重要影响。

PRM靶向药物淀粉酶组

PRM（水平不良反应判断，Parallel Reaction Monitoring），是阶段靶向药物治疗核血清组学数值采样的中低端措施，凭借对特女性朋友肽段或对方肽段（如出现翻译资料后绘制的肽段）来进行使用性判断，因此体现对对方核血清/绘制肽段的靶向药物治疗对应比较或坚决降钙素原检测。PRM可以使用于组学数值核实，打个比方染色体组/转录组/降钙素原检测核血清组/绘制核血清组得到的对方染色体/核血清，体现其对应比较/坚决降钙素原检测分析一下。

Olink靶点球蛋白组

Olink脂肪酸质组学枝术就是种高通骁龙量的脂肪酸质加测最简单的方法，可不可以另外加测百余种脂肪酸质，另外拥有高迅敏度和高活性朋友。其枝术远离关键是：

Probe 设计：Olink技术使用了一种称为 proximity extension assay（PEA）的方法，利用两种具有特异性的抗体，即Proximity Probe，分别识别待检测蛋白质的不同位点。这两种Proximity Probe 上分别连接有一种DNA分子，当两种Probe接近并结合到待测蛋白上时，两种DNA分子可以形成一个连通的DNA链。

扩增：所有DNA链同时被扩增成数百万个复制物，并且在扩增过程中添加了标记的核酸，这些标记的核酸是与每个DNA链上的特定序列相匹配的。

检测：使用Universal PCR Probe探针与所有扩增的DNA序列相匹配，PCR反应产生荧光信号，标记的核酸序列数量与待检测蛋白质的数量成正比。

技术服务优势

1. 高通量：快速检测批量样品中的48-3072种蛋白标志物；
2. 低体积：每个样品仅需不到1-6微升；
3. 靶向性：所有检测蛋白，均为生物标志物，覆盖100% 信号通路；
4. 高灵敏及宽动态：检测灵敏度可达fg/ml级别；动态范围横跨10个log，覆盖高、中、低丰度蛋白；
5. 自动化：自动化样品处理流程提供了绝佳的简易性、准确性和重复性。