福尔马林固定石蜡包埋（Formalin Fixed Paraffin Embedded，FFPE）样本是临床上长期保存病理样本的常用方法，可以和临床数据（如患者临床资料，患者生存预后信息，用药和治疗疗效等）相关联，为确定疾病的发生发展机制研究、生物标志物和药物靶标提供了巨大的资源，是进行回顾性研究的不二之选。但FFPE处理会使组织中的核酸发生不同程度的降解，在过去由于技术受限使FFPE样本无法发挥自身的价值。随着技术的不断突破，针对石蜡样本提供了全套的解决方案。
1、单细胞转录组解决方案---10x Genomics Flex
应用案例：FFPE组织的单细胞+空转+原位分析联合绘制高分辨率乳腺癌微环境图谱
该研究对一个乳腺癌FFPE 样本进行连续切片，采用单细胞基因表达（Flex，scFFPE-seq），空间转录组（Visium CytAssist）和原位技术（Xenium）对乳腺癌FFPE 样本进行检测。通过这三种数据的联合分析，实现了FFPE样本单细胞水平下基因表达，空间信息及原位基因表达信息的整合。其中Flex和CytAssist数据联合分析鉴定出17种不同的细胞类型，再通过将转录本映射到 Xenium中，以单细胞分辨率在空间层面上解析这些细胞类型及其基因表达特征，从而展示了样本高空间分辨的全转录组信息。
2、空间转录组解决方案--- Cytassist & HD
10X Visium Cytassist
10X Visium HD
应用案例：10x HD空转解析肠癌微环境
Visium HD的单组织鉴别率就能编写差异的免疫系统检测组织群，并监测恶性肿瘤轮廓的差异基因遗传展示，以挑战免疫系统检测组织群在TME中的暗藏功绩。十二指肠道癌是一种种会影响十二指肠或肠道的癌证，是全时代最应见的癌证型之五，可不可以影响可怕负面影响和死，十二指肠道癌的概率根据多少岁的增长期而加入。该深入细致分析将全转录组和靶向药物原位大环境的技术相结合在一起，深入细致地揭露了TME的繁复性和情况性，体现了大环境大环境对解读癌证异质性和进况的重要的性。
3、FFPE转录组解决方案
转录组研究对于理解基因组功能元件、揭示细胞及组织中分子组成以及探索机体发育和疾病机制具有重要作用。通过mtk量测序对FFPE中lncRNA 和mRNA进行测序分析。
石蜡样本实测数据显示：
1）取4个不同降解程度的FFPE-RNA样本(DV200在60%-80%之间)，用其进行文库制备文库及NGS分析。
4、蛋白组解决方案---4D DIA & Astral蛋白组
FFPE实测数据显示：
配合SDS PAGE条带和核蛋白消费量来去质量检查鉴定，用其来去质谱分享。 FFPE样品的淀粉酶检验数电动车续航到4000+。
5、基因组解决方案---WES
FFPE WES实测数据显示：
分別猎取率（ontarget ratio）达到到60%-80%这些。
参考文献
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