10x 单神经细胞ATAC-seq

ATAC-seq（Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing，复染质易開放领域内测序）是201四年由瑞典Stanford一本大学的William Greenleaf硕士生导师生产研发一个多种新一代的措施，借助DNA转座酶运用高通芯片骁龙量测序的技术，来介绍复染体的可加入性。ATAC-seq的的原理是，复染质易開放领域内测序）借助Tn5转座酶切工复染质的開放领域内，并以及测序引物开展高通芯片骁龙量测序，利用生物体图片信息介绍鉴别转录要素运用位点和核小体领域内地理位置，而为介绍染色体遗传调整、DNA 暗印等应该提供更有效的措施。利用介绍指定区域睡眠状态下開放复染质，应该在DNA情况介绍染色体遗传转录调整。

传统文化的搜索全人类什么是基因组领域内放开的脱色法的质地域运用的办法涵盖ATAC-seq、MNase-seq和DNase-seq，FAIRE-seq、chip-seq等。10x Genomics Chromium Single Cell ATAC Solution（10X scATAC-seq）是10 X Genomics新研发推出单内部表观人类什么是基因组学平行上蕴含脱色法的质可配近性的科学研究攻略。使用单内部脱色法的质可配近性图谱创造出一个，一方面能清晰明了知晓脱色法的质形式，还能够建模得区分率转录系数改善数据网络，为进入知晓皮肤疾病的评估和医治刮平之路。

技术设备优势

可检测单细胞转录调控区域中的开放染色质
每个通道可容纳500-10000个细胞核
细胞核捕获率高达65%
运用10x官方软件和工具，可对单细胞基因调控网络进行精细化分析

象征性经典文章

Buenrostro J D , Corces M R , Lareau C A . Integrated Single-Cell Analysis Maps the Continuous Regulatory Landscape of Human Hematopoietic Differentiation.[J]. Cell, 2018.

典例动态展示

连合各个单血细胞定量分析技术设备编写人们的造血整体细胞分化的接连调控谱

研究背景

造血分化是从造血干细胞分化为具有不同功能的细胞过程，在成人中主要发生在骨髓，最终产生淋巴系细胞（B,T,NK cell）,髓系-粒系（monocyte, granulocyte），红系（Ery,mega）等细胞类型，是研究干细胞分化、肿瘤免疫、血液疾病等的良好模型。造血分化过程是一个复杂、多阶段的，受多种因子调控的过程，单细胞表观基因组分析有助于解析造血干细胞转录和细胞命运异质性的顺式和反式调节机制。

研究思路

首先利用scATAC-seq数据从chromatin accessibility入手，分析造血分化过程染色质开放状态图谱的异质性；用ChromVAR R包预测TF的活动；采用多种聚类方法，如通过TF Z scores利用Hierarchical clustering 和t-SNE聚类，并采用了reference guided approach，基于bulk sample和算法对单细胞数据进行降维聚类分析；整合scRNA-seq 和scATAC-seq数据分析TF与chromatin accessibility，以及顺式调控元件和邻近基因的表达的相互关系。

研究结果

研究人员通过单细胞ATAC-Seq的研究策略，分析了10类已定义的人类造血系统分化细胞类型中染色质可接近性的数据，构建造血细胞分化中染色质可接近性状态的变化轨迹；并整合单细胞转录组数据，构建了转录因子动态调控轨迹。

从单癌组织RNA-seq和ATAC-seq的优化数据统计分析提拱了对人造血的功能的设定特征英文和动态数据统计的感受，在调查或测算上优化许多单癌组织数据统计业务类型的进第一步改进方案将为成长发育或问题癌组织命運行为提拱单癌组织能力上的层面。想法前景的岗位根据单癌组织表观表观遗传组学、转录组学、膳食纤维质组学和谱系校正可能阐述对起动设定许多癌组织命運转变成的设定要素的氧分子制度和耗时顺序图的重点感受。

规范文献资料

Buenrostro J D , Corces M R , Lareau C A . Integrated Single-Cell Analysis Maps the Continuous Regulatory Landscape of Human Hematopoietic Differentiation.[J]. Cell, 2018.

最终结果体现

1. 细胞聚类

Cell Ranger ATAC 利用每个细胞的peaks 信息，运行cluster mode 对这些细胞进行分群。经tSNE 降维算法，得到细胞聚类的二维结果。

2. 数据信息交互

10X genomics公司提供的专门的分析结果查看软件-Loupe Cell Browser，该软件是一个图形界面的软件，操作非常的方便。可以用于以下应用：1.确定细胞类型: 使用可及性模式发现能够区分不同细胞类型和功能组别的启动子和转录因子motif；2.分析可及性差异: 使用ATAC Peak Viewer 定位具有假定调节功能的不同可访问基因组区域的位置；3.发现显著性特征: 创建自定义聚类并使用差异可及性分析工具精准识别数据中的细胞组别；4.共享数据结果: 保存感兴趣的信息，导出数据表，并获取单细胞ATAC数据的屏幕截图。

10x 单神经细胞ATAC-seq

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