LncRNA测序

长链非识别码RNA（lncRNA）就是类的长度多于200 nt 的非识别码RNA（ncRNA），大范围具备于多种生物学体内，在表观基因遗传控制、受损細胞周期长控制和受损細胞分解控制等更多生命值活动方案中利用更关键性能力，与动花草的萌发胸部发育，人类文明的症状的发生体现了重视干系，也用做为症状检查的logo物或许是更关键性靶点。

回收利用高通芯片量测序技术应用确定lncRNA 测序及微生物制品问题学定性阐述，可飞速较准地看到哪种有关键调节管控效果的lncRNA，定性阐述其与指定微生物制品学的过程的关心，深入调查探讨lncRNA的效果简述表达方法调节管控体制。有寡头垄断结合起来miRNA的ceRNA调节管控体制，及对刺绣质成分确定一品类调节管控如资料子、启动时子、绝缘带子等。

技术优势

1. 文库优化：采用核糖体去除和链特异性文库构建方案，保留了完整的lncRNA和mRNA序列，以及序列方向性。
2. 序列完整：对样本中几乎全部的lncRNA和mRNA序列进行鉴定和分析。
3. 物种多元：对包括人类、动植物在内的许多物种的lncRNA进行鉴定和分析。
4. 分析严谨：系统收集lncRNA数据库用于鉴定已知lncRNA，并设置严格的筛选条件用于发现新lncRNA。
5. 关联全面：开展lncRNA与mRNA的关联分析，深入分析lncRNA调控网络。

样本起始量与送样建议

样品类别	始点量
动物界及临床检验脏器安排/脑安排等	>20mg
食草动物及监床新皮肤/骨/动脉血管/脂质聚集等	>100mg
动植物叶轮叶片安排/花	>200mg
观赏植物根/茎/成果/种子资源	>500mg
原代上皮癌细胞/上皮癌细胞系	>5×10⁶个
弱呈酸性粒上皮生殖细胞膜/嗜呈酸性粒上皮生殖细胞膜/嗜咸性粒上皮生殖细胞膜	>5×10⁷个
外泌体范例	>1×10⁸个
血清/血浆/脑脊液/髋关节积液/卵泡液	>2mL
上皮细胞培育上清液	>20mL
尿水	>30mL
总RNA	>1μg且RIN>7.0

注意事项：
① 组织样本建议保存在RNAlater、RNAHold、RNAProtect等相关组织保存液中，然后-80℃保存或干冰寄送；
② 细胞样本使用TRIzol等裂解液充分裂解之后，-80℃保存或干冰寄送
③ 更加详细的样本准备指南，请连接再线人工客服

应用场景

应用场景1：启动子/增强子调控
适用范围：非线性转录调控、新顺式作用元件发现及功能鉴定、组织特异性启动子筛选及确定等研究

lncRNA的自身转录会干扰其邻近编码蛋白的基因的转录。上游lncRNA转录时，会穿越邻近靶基因的启动子区，干扰了转录因子与靶基因的启动子结合，从而抑制靶基因的转录。此外，lncRNA具有促进增强子环化和激活基因表达的功能。在没有成环的情况下增强子处于非活性状态。

应用场景2：与蛋白修饰/DNA甲基化/m6A联合
适用范围：临床医学、基础医学、植物遗传育种等研究

lncRNA参与表观调控，可能是招募一些染色质重构复合体来介导基因沉默，尤其是一些与组蛋白修饰相关的组蛋白甲基转移酶的调控。此外，lncRNA还能与一些DNA甲基化和去甲基化酶结合使得基因的启动子区发生甲基化的变化从而影响基因表达。

应用场景3：ceRNA调控机制
适用范围：环境应激、临床医学、植物遗传育种、疾病早期诊断等研究

ceRNA全称competing endogenous RNA，是一种能够竞争结合RNA的作用元件。通常lncRNA和circRNA会竞争结合miRNA，我们一般把lncRNA和circRNA可以称作ceRNA。ceRNA调控网络全称ceRNAregulation network，指的是有ceRNA参与的整个调控网络cascade。而ceRNA分析指的是对整个ceRNA调控网络进行分析。一般有circRNA-miRNA-mRNA分析或lncRNA-miRNA-mRNA分析。

结果展示

不同样本lncRNA基因组可视化结果为了更直观的展示lncRNA candidate在染色体中分布情况，我们采用circos(ww.circos.ca)软件对筛选获得的lncRNA进行基因组mapping。

主要分为两部分进行展示，一部分按照lncRNA的不同分类进行基因组mapping，另一部分按照不同样本中lncRNA进行基因组mapping。作图时分别将每条染色体按照每25mb为基本单位，不同样本中lncRNA基因组可视化作图时统计每个区段中lncRNA的表达量绘图，不同lncRNA类型基因组可视化时统计每个区段内lncRNA的数目绘图。

1.的差异人类基因火山图

通过绘制火山图可以了解差异表达基因的整体分布情况。以log2 (foldchange)为横坐标，-log10(pvalue)为纵坐标，对差异表达分析中所有的基因绘制火山图。其中横坐标代表基因在不同样本中差异表达倍数变化；纵坐标代表基因表达量变化差异的统计学显著性；up颜色代表上调的显著差异表达基因，down颜色代表下调的显著差异表达基因，no代表非显著性差异表达基因。

2.距离dna聚类算法热图

差异基因聚类分析用于判断基因在不同实验条件下调控模式的聚类模式。根据样品基因表达谱的相近程度，将基因进行聚类分析，直观地展示基因在不同样品（或是不同处理）中的表达情况，由此获取生物学相关信息。为了更好的直观反映聚类表达模式，对于非生物学重复
我们采用log10(FPKM+1)进行展示，对于生物学重复将差异基因FPKM通过Z值方式进行基因表达展示。其中横坐标为样本，纵坐标为基因，不同的颜色表示不同的基因表达水平。

常见问题

1.之类是长链非项目编码RNA？什么和什么的功效有的？

哺乳动物基因组序列的约5%～10%被稳定转录，蛋白质编码基因仅约占1%，其余4%～9%的序列都转录为非编码RNA。而非编码RNA(non-coding RNA) 是指不能翻译为蛋白的功能性RNA分子。长链非编码RNA为这4%～9%中长度大于200nt的非编码RNA。它们的作用主要体现在四个方面：第一，影响周边基因的表达；第二，调控蛋白质活动及定位；第三，产生小分子RNA；第四，对其他RNA的调控作用。

2.lncRNA测序为什么呢样所需在校园营销推广活动的环节之中所构建链活性朋友文库？

很多基因组区域具有正负链的转录本，反义转录是真核基因的一个特征，是一种重要的调控方式。使用ssRNA-Seq（Strand-Specific）能够保留RNA的方向性信息，可以确定转录本来自正链还是负链，以便更加准确的获得基因的结构以及基因表达信息。

3.精准预测lncRNA与mRNA、miRNA互作的技巧？

1）cis调控预测，筛选的条件只有cis location是100kb。（同一条染色体上距离lncRNA100kb的mRNA，都会被列入到cis调控的可能）
2）trans调控预测用的是RIsearch软件，是以最小自由能小于-11来筛选碱基互补配对的lncRNA与mRNA。
3）在预测lncRNA与miRNA互作的时候，用score罚分值来判定，一般≤4就认定为可信，数值越小越可信。

LncRNA测序

咨询热线